一、緣起
1987年夏天，門諾醫院急診室一位未滿十六歲的少女被送來，她因為長期感染性病併發骨盆腔炎，導致敗血休克，經過醫師全力救治才搶回少女的性命。更令人震驚的是這個女孩在八歲的時候，就被拐賣到臺北娼館接客，過著暗無天日、悲慘的生活。於是，幾位來自教會以及熱心公益的婦女，自掏腰包成立「善牧協會」，展開救援雛妓的行動。
1994年善牧協會正式向內政部立案，成立「財團法人台灣基督教門諾會花蓮縣私立善牧中心」，承辦不幸兒童及少年安置業務、受暴婦女及未婚懷孕婦女中途之家以及兼辦社區外展服務。
二、目標
1.結合政府福利政策、規畫完善之兒童、少年福利服務和積極承辦性侵害防治預防教育推廣，從事心理諮詢服務等相關福利服務。
2.設立兒童、少年保護安置機構(中途之家)，提供不幸少女妥善緊急庇護、安置輔導服務、心理衡鑑及創傷復原。
3.以專業團隊工作模式進行兒童少年生活輔導、兒童少年直接服務、資源結合與運用、方案服務與評估並保障兒童少年之基本人權、社會權、教育權、健康權及人身安全等。
4.增強兒童少年以積極正向態度來處理生活困境、危機事件，建立社會適應能力以面對社會變遷帶來的衝擊。
5.強化兒童少年福利資源網絡，提供專業人員相關資訊與建立社區共同保護兒童少年機制。
6.提供受暴婦女及其隨行子女(15歲內)及未婚懷孕婦女之緊急短期安置服務。
7.提供支持弱勢族群並以非自願性失業及單親中高齡失業為優先之就業機會，協助其在兼顧家庭照顧及增加家庭經濟收入，進而穩定家庭結構之功能。
三、服務內容
1.提供日常生活照顧，聘請生活輔導員24小時陪伴、醫療及教導正確之生活態度。
2.輔導安置中個案穩定就學及就業、心理創傷復原、協助建立正確價值觀及社會行為。
3.辦理安置個案返家追蹤輔導、親子會談等服務。
4.針對即將結束安置個案進行自立生活、生活獨立教導、金錢管理。
5.提供特殊個案需求轉介個別心理諮商輔導。
6.透過活動規劃，教導多元之自我探索活動。