劃設保護區後的無尾港濕地自然資源，由於範圍過於廣泛，權責管理單位眾多，實質管理思維不足，本會承接保護區經營管理期間，「棲地陸化」、「外來種」、「水汙染」、「步道管理不周」、等項長期以來是經營管理常態劣化項目，探其原因，政府部門規劃管理大方向，並將部分維護管理計畫執行責付社區居民參與，由在地人員經營步道維護藉此讓社區直接參與保護區管理，建立環境與社區間的關聯性，惟社區執行維護能量僅形式配合並無整體規劃討論，遊客到此無法感受「國家級重要濕地」的特別性及要傳達的意念有哪些，在此，每月執行鳥類調查及年度賞鳥活動，均可明顯發現步道路線維護管理思維不周，光線不足、通風不良、蚊蟲肆虐，更讓遊客在此留下負評，讓保護區的經營管理面臨「劃設而後放任」「有管沒理」命運，保護區生態保育工作及周邊土地管理運用尚缺完整規畫近、中、遠目標；明確路線設定、常態步道空間維護，將有效改善步道負評之現況，劃設棲地管理工作與居民連結不應是階段性責任與義務，保護區內生態變化相關問題應是全民關注焦點，全民環境教育意識淡化將形成無尾港濕地不可預期的威脅與保育障礙。
保護區的經營管理依基礎調查數據建立，環境變化係數與生態調查結果作為棲地營造參考方向，無尾港得天獨厚的地理位置，以環境做為核心價值議題，培訓基礎環境守護能力，多元管理學習，定期環境教育活動，喚醒更多有志人士參與，以教育為連結方向解決各層次問題，創造知性的生活，感性的生態，理性的生產，結合鄰近小學課程發展驗證，大無尾港生態村所傳達的是環境教育的需求意念，社會的責任，方法是將過去的彙整，現實的呈現，未來的扎根。
無尾港裡的社區與環境相互永續關係，為此開創社區參與新空間，架構人與環境新觀念，提出(情牽無尾港、攜手護三生)多元就業開發計畫，提供留鄉勞動人口接受社區生活、自然生態、海洋生產新關係，幫助社區老、中、青三個世代各年齡層參與，也讓無尾港裡的自然生態與海洋環境持續受到關注與維護，同時藉由培訓帶領大家學習如何發現生活環境新視界，進而發展環境議題以多元方式來傳達教育方向間接回饋環境給予的一切。